Il primitivo edificio dal quale poi si svilupperà la Villa era un Casone o "casa di lavoria". Il Casone nuovo della Cinquantina fu costituito nel 1768, dagli amministratori generali del Granduca Vicini allo stagno di Vada in un terreno non ancora bonificato e in una zona infestata dalla malaria, ma con terreni molto produttivi.
Il progetto fu pensato per la convivenza multifamiliare e basato sull'autosufficienza, sul modello di una nuova organizzazione rurale; l'abitazione era prevista per quattro famiglie di contadini lavoratori.
La bonifica rese possibile organizzare la lavorìa della Cinquantina, condotta con un contratto mezzadrie, il quale concedeva metà dei terreni in proprietà ai contadini per la discendenza mascolina.
Le colture praticate erano svariate, grano, semi di lino, orzo, avena, si alternavano secondo i tre cicli del modello toscano.  L'edificio rimase in queste condizioni fino alla metà dell'Ottocento quando, ultimati i lavori di bonifica, si rese possibile un insediamento stabile dei braccianti, prima decimati dalla Malaria.
Per progredire nella messa a coltura del territorio, vennero realizzate indagini e misurazioni da parte dell'ingegnere Calluri; le allivellazioni iniziarono nel 1780.
Il territorio venne misurato e catalogato per la realizzazione del catasto, portato a termine nel 1826.
In seguito i terreni vennero divisi in lotti, definiti i tracciati delle strade e realizzati i canali di drenaggio e di scolo delle acque superficiali.
I primi terreni allivellati furono proprio quelli della Cinquantina, assegnati a un livornese, di nome Sivieri, che pochi anni dopo, nel 1858, li vendette insieme alle costruzioni in esse comprese a Guerrazzi per 269.000 Lire.
Con Guerrazzi ed i suoi discendenti la costruzione si ampliò e si abbellì.
La Villa e la Fattoria furono da allora in poi al centro di tutte le varie e complesse vicende della vita economica e politica della nostra zona, all'avanguardia nell'introduzione di nuove tecniche di coltura e di attrezzature più moderne, così come nei metodi di sfruttamento della manodopera e sensibile a mutamenti politici ed ai fenomeni sociali.
Guerrazzi morì proprio nella villa il 23 Settembre 1873.
I discendenti e i successivi proprietari continuarono ad apportare piccole variazioni per adeguare la villa alle rispettive necessità, fino a quando, nel 1975, il comune di Cecina la acquistò dall'ultima proprietaria, Torelli.
In più di venti anni il complesso è stato completamente ristrutturato e attualmente, oltre al Museo Archeologico Etrusco e Romano, ospita il Museo dell a Civiltà Contadina, la Scuola Comunale di Musica, la Scuola di teatro Artimbanco e una sala polivalente per mostre e concerti.